PEAR2_Pyrus_Developer-0.4.0PEAR2_Pyrus_Developer-0.4.0/php/PEAR2/Pyrus/Developer/CoverageAnalyzer/Sqlite.php

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer;
class Sqlite
{
    public $codepath;
    public $testpath;

    protected $db;
    protected $totallines   = 0;
    protected $coveredlines = 0;
    protected $deadlines    = 0;
    protected $pathCovered  = array();
    protected $pathTotal    = array();
    protected $pathDead     = array();

    private $statement;
    private $lines   = array();
    private $files   = array();
    private $deleted = array();

    const COVERAGE_COVERED      = 1;
    const COVERAGE_NOT_EXECUTED = 0;
    const COVERAGE_NOT_COVERED  = -1;
    const COVERAGE_DEAD         = -2;

    function __construct($path = ':memory:', $codepath = null, $testpath = null, $codefiles = array())
    {
        $this->files = $codefiles;
        $this->db = new \Sqlite3($path);
        $this->db->exec('PRAGMA temp_store=2');
        $this->db->exec('PRAGMA count_changes=OFF');

        $version = '5.3.0';
        $sql = 'SELECT version FROM analyzerversion';
        if (@$this->db->querySingle($sql) == $version) {
            $this->codepath = $this->db->querySingle('SELECT codepath FROM paths');
            $this->testpath = $this->db->querySingle('SELECT testpath FROM paths');
            return;
        }

        // restart the database
        echo "Upgrading database to version $version";
        if (!$codepath || !$testpath) {
            throw new Exception('Both codepath and testpath must be set in ' .
                                'order to initialize a coverage database');
        }

        $this->codepath = $codepath;
        $this->testpath = $testpath;
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS coverage;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS coverage_nonsource;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS not_covered;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS files;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS tests;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS paths;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS coverage_per_file;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS line_info;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS all_lines;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS xdebugs;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS analyzerversion;');

        echo ".";
        $this->db->exec('BEGIN');

        $sql = '
            CREATE TABLE coverage (
              files_id integer NOT NULL,
              tests_id integer NOT NULL,
              linenumber INTEGER NOT NULL,
              state INTEGER NOT NULL,
              PRIMARY KEY (files_id, linenumber, tests_id)
            );

            CREATE INDEX idx_coveragestats  ON coverage (files_id, tests_id, state);
            CREATE INDEX idx_coveragestats2 ON coverage (files_id, linenumber, tests_id, state);
            CREATE INDEX idx_coveragestats3 ON coverage (files_id, tests_id);

            CREATE TABLE all_lines (
              files_id integer NOT NULL,
              linenumber INTEGER NOT NULL,
              state INTEGER NOT NULL,
              PRIMARY KEY (files_id, linenumber, state)
            );

             CREATE INDEX idx_all_lines_stats ON all_lines (files_id, linenumber);

            CREATE TABLE line_info (
              files_id integer NOT NULL,
              covered INTEGER NOT NULL,
              dead  INTEGER NOT NULL,
              total INTEGER NOT NULL,
              PRIMARY KEY (files_id)
            );
          ';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE coverage_nonsource (
            files_id integer NOT NULL,
            tests_id integer NOT NULL,
            PRIMARY KEY (files_id, tests_id)
          );
          ';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE files (
            id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
            path TEXT(500) NOT NULL,
            hash TEXT(32) NOT NULL,
            issource BOOL NOT NULL,
            UNIQUE (path)
          );
          CREATE INDEX files_issource on files (issource);
          ';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE xdebugs (
            path TEXT(500) NOT NULL,
            hash TEXT(32) NOT NULL,
            PRIMARY KEY (path)
          );';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE tests (
            id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
            testpath TEXT(500) NOT NULL,
            hash TEXT(32) NOT NULL,
            UNIQUE (testpath)
          );';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE analyzerversion (
            version TEXT(5) NOT NULL
          );

          INSERT INTO analyzerversion VALUES("' . $version . '");

          CREATE TABLE paths (
            codepath TEXT NOT NULL,
            testpath TEXT NOT NULL
          );';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          INSERT INTO paths VALUES(
            "' . $this->db->escapeString($codepath) . '",
            "' . $this->db->escapeString($testpath). '");';
        $this->exec($sql);
        $this->db->exec('COMMIT');
        echo "done\n";
    }

    public function exec($sql)
    {
        $worked = $this->db->exec($sql);
        if (!$worked) {
            @$this->db->exec('ROLLBACK');
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Unable to create Code Coverage SQLite3 database: ' . $error);
        }
    }

    function retrieveLineLinks($file, $id = null)
    {
        if ($id === null) {
            $id = $this->getFileId($file);
        }

        $sql = 'SELECT t.testpath, c.linenumber
            FROM
                coverage c, tests t
            WHERE
                c.files_id = ' . $id . ' AND t.id = c.tests_id';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve line links for ' . $file .
                                ' line #' . $line .  ': ' . $error);
        }

        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $ret[$res['linenumber']][] = $res['testpath'];
        }
        return $ret;
    }

    function retrieveTestPaths()
    {
        $sql = 'SELECT testpath from tests ORDER BY testpath';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve test paths :' . $error);
        }
        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
            $ret[] = $res[0];
        }
        return $ret;
    }

    function retrievePathsForTest($test, $all = 0)
    {
        $id = $this->getTestId($test);
        $ret = array();
        if ($all) {
            $sql = '
                SELECT DISTINCT path
                FROM coverage_nonsource c, files
                WHERE c.tests_id = ' . $id . '
                    AND files.id = c.files_id
                GROUP BY c.files_id
                ORDER BY path';
            $result = $this->db->query($sql);
            if (!$result) {
                $error = $this->db->lastErrorMsg();
                throw new Exception('Cannot retrieve file paths for test ' . $test . ':' . $error);
            }

            while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
                $ret[] = $res[0];
            }
        }

        $sql = '
            SELECT DISTINCT path
            FROM coverage c, files
            WHERE
                c.tests_id = ' . $id . '
              AND
                files.id = c.files_id
            GROUP BY c.files_id
            ORDER BY path';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve file paths for test ' . $test . ':' . $error);
        }

        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
            $ret[] = $res[0];
        }

        return $ret;
    }

    function retrievePaths($all = 0)
    {
        if ($all) {
            $sql = 'SELECT path from files ORDER BY path';
        } else {
            $sql = 'SELECT path from files WHERE issource = 1 ORDER BY path';
        }

        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve file paths :' . $error);
        }

        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
            $ret[] = $res[0];
        }

        return $ret;
    }

    function coveragePercentage($sourcefile, $testfile = null)
    {
        if ($testfile) {
            $coverage = $this->retrievePathCoverageByTest($sourcefile, $testfile);
        } else {
            $coverage = $this->retrievePathCoverage($sourcefile);
        }

        if ($coverage[1]) {
            return round(($coverage[0] / $coverage[1]) * 100, 1);
        }

        return 0;
    }

    function retrieveProjectCoverage($path = null)
    {
        if ($this->totallines) {
            return array($this->coveredlines, $this->totallines, $this->deadlines);
        }

        $sql = '
            SELECT covered, total, dead, path
            FROM line_info, files
            WHERE files.id = line_info.files_id';
        if ($path !== null) {
            $sql .= ' AND files.path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        }

        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve coverage for ' . $path.  ': ' . $error);
        }

        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $this->pathTotal[$res['path']]   = $res['total'];
            $this->pathCovered[$res['path']] = $res['covered'];
            $this->pathDead[$res['path']]    = $res['dead'];
            $this->coveredlines += $res['covered'];
            $this->totallines   += $res['total'];
            $this->deadlines    += $res['dead'];
        }

        return array($this->coveredlines, $this->totallines, $this->deadlines);
    }

    function retrievePathCoverage($path)
    {
        if (!$this->totallines) {
            // set up the cache
            $this->retrieveProjectCoverage($path);
        }

        if (!isset($this->pathCovered[$path])) {
            return array(0, 0, 0);
        }

        return array($this->pathCovered[$path], $this->pathTotal[$path], $this->pathDead[$path]);
    }

    function retrievePathCoverageByTest($path, $test)
    {
        $id = $this->getFileId($path);
        $testid = $this->getTestId($test);

        $sql = '
            SELECT state, COUNT(linenumber) AS ln
            FROM coverage
            WHERE files_id = ' . $id. ' AND tests_id = ' . $testid . '
            GROUP BY state';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve path coverage for ' . $path .
                                ' in test ' . $test . ': ' . $error);
        }

        $total = $dead = $covered = 0;
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            if ($res['state'] === Sqlite::COVERAGE_COVERED) {
                $covered = $res['ln'];
            }

            if ($res['state'] === Sqlite::COVERAGE_DEAD) {
                $dead = $res['ln'];
            }

            $total += $res['ln'];
        }

        return array($covered, $total, $dead);
    }

    function retrieveCoverageByTest($path, $test)
    {
        $id = $this->getFileId($path);
        $testid = $this->getTestId($test);

        $sql = 'SELECT state AS coverage, linenumber FROM coverage
                    WHERE files_id = ' . $id . ' AND tests_id = ' . $testid . '
                    ORDER BY linenumber ASC';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve test ' . $test .
                                ' coverage for ' . $path.  ': ' . $error);
        }

        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $ret[$res['linenumber']] = $res['coverage'];
        }

        return $ret;
    }

    function getFileId($path)
    {
        $sql = 'SELECT id FROM files WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) .'"';
        $id = $this->db->querySingle($sql);
        if ($id === false || $id === null) {
            throw new Exception('Unable to retrieve file ' . $path . ' id from database');
        }

        return $id;
    }

    function getTestId($path)
    {
        $sql = 'SELECT id FROM tests WHERE testpath = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        $id = $this->db->querySingle($sql);
        if ($id === false || $id === null) {
            throw new Exception('Unable to retrieve test file ' . $path . ' id from database');
        }

        return $id;
    }

    function removeOldTest($testpath, $id = null)
    {
        if ($id === null) {
            $id = $this->getTestId($testpath);
        }

        // gather information
        $sql = 'SELECT DISTINCT files_id FROM coverage
                WHERE
                    tests_id = ' . $id ;
        if (!empty($this->deleted)) {
            $sql .= '
                AND
                    files_id NOT IN (' . implode(', ', $this->deleted) . ')';
        }

        $result = $this->db->query($sql);
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $this->deleted[] = $res['files_id'];
        }

        echo "\ndeleting old test ", $testpath," .";
        $this->db->exec('DELETE FROM tests WHERE id = ' . $id);
        echo '.';
        $this->db->exec('DELETE FROM coverage WHERE tests_id = ' . $id);
        echo '.';
        $this->db->exec('DELETE FROM coverage_nonsource WHERE tests_id = ' . $id);
        echo '.';
        $p = $this->db->escapeString(str_replace('.phpt', '.xdebug', $testpath));
        $this->db->exec('DELETE FROM xdebugs WHERE path = "' . $p . '"');
        echo " done\n";
    }

    function addTest($testpath, $id = null)
    {
        try {
            $id = $this->getTestId($testpath);
            $this->db->exec('UPDATE tests SET hash = "' . md5_file($testpath) . '" WHERE id = ' . $id);
        } catch (Exception $e) {
            echo "Adding new test $testpath\n";
            $sql = 'INSERT INTO tests (testpath, hash) VALUES(:testpath, :md5)';
            $stmt = $this->db->prepare($sql);
            $stmt->bindValue(':testpath', $testpath);
            $stmt->bindValue(':md5', md5_file($testpath));
            $stmt->execute();
            $id = $this->db->lastInsertRowID();
        }

        $file  = str_replace('.phpt', '.xdebug', $testpath);
        $sql = 'REPLACE INTO xdebugs (path, hash) VALUES(:path, :md5)';
        $stmt = $this->db->prepare($sql);
        $stmt->bindValue(':path', $file);
        $stmt->bindValue(':md5', md5_file($file));
        $stmt->execute();

        return $id;
    }

    function unChangedXdebug($path)
    {
        $sql = 'SELECT hash FROM xdebugs WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        $md5 = $this->db->querySingle($sql);
        if (!$md5 || $md5 != md5_file($path)) {
            return false;
        }

        return true;
    }

    function retrieveCoverage($path)
    {
        $id = $this->getFileId($path);
        $links = $this->retrieveLineLinks($path, $id);
        $links = array_map(function ($arr) {return count($arr);}, $links);

        $sql = '
            SELECT state AS coverage, linenumber
            FROM all_lines
            WHERE files_id = ' . $id . '
            ORDER BY linenumber ASC';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve coverage for ' . $path.  ': ' . $error);
        }

        $return = array();
        while ($res = $result->fetchArray()) {
            if (!isset($return[$res['linenumber']])) {
                $return[$res['linenumber']] = array();
            }

            if (
                !isset($return[$res['linenumber']]['coverage']) ||
                $return[$res['linenumber']]['coverage'] !== Sqlite::COVERAGE_COVERED
            ) {
                // Found a case where a line could be dead and not covered, we still don't know why
                if (
                    isset($return[$res['linenumber']]['coverage']) &&
                    $return[$res['linenumber']]['coverage'] === Sqlite::COVERAGE_NOT_COVERED &&
                    $res['coverage'] === Sqlite::COVERAGE_DEAD
                ) {
                    continue;
                }

                $return[$res['linenumber']]['coverage'] = $res['coverage'];
            }


            if (isset($links[$res['linenumber']])) {
                $return[$res['linenumber']]['link'] = $links[$res['linenumber']];
            } else {
                $return[$res['linenumber']]['link'] = 0;
            }
        }

        return $return;
    }

    function updateTotalCoverage()
    {
        echo "Updating coverage per-file intermediate table\n";

        $sql = '
            SELECT files_id, linenumber, state
            FROM all_lines
            ORDER BY files_id, linenumber ASC';
        $result = $this->db->query($sql);
        $lines = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            if (!isset($lines[$res['files_id']])) {
                $lines[$res['files_id']] = array();
            }

            $lines[$res['files_id']][$res['linenumber']] = $res['state'];
        }

        $ret = array();
        foreach ($lines as $file => $lines) {
            $ret[$file]['covered']     = 0;
            $ret[$file]['dead']        = 0;
            $ret[$file]['not_covered'] = 0;
            foreach (array_count_values($lines) as $state => $count) {
                if ($state === Sqlite::COVERAGE_COVERED) {
                    $ret[$file]['covered'] = $count;
                }

                if ($state === Sqlite::COVERAGE_NOT_COVERED) {
                    $ret[$file]['not_covered'] = $count;
                }

                if ($state === Sqlite::COVERAGE_DEAD) {
                    $ret[$file]['dead'] = $count;
                }
            }
        }

        foreach ($ret as $id => $line) {
            $covered     = $line['covered'];
            $dead        = $line['dead'];
            $not_covered = $line['not_covered'];
            $this->db->exec('REPLACE INTO line_info (files_id, covered, dead, total)
                            VALUES(' . $id . ',' . $covered . ',' . $dead . ',' . ($covered + $not_covered) . ')');
            echo ".";
        }

        echo "\ndone\n";
    }

    public function updateAllLines()
    {
        echo "Updating the all lines internal table\n";

        $keys = implode(', ', array_keys($this->lines));
        $sql = '
            SELECT files_id, linenumber, state
            FROM all_lines
            WHERE files_id IN (' . $keys . ')
            ORDER BY linenumber ASC';

        $result = $this->db->query($sql);
        $data = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            if (!isset($data[$res['files_id']])) {
                $data[$res['files_id']] = array();
            }

            $data[$res['files_id']][$res['linenumber']] = $res['state'];
        }

        foreach ($data as $id => $lines) {
            foreach ($lines as $line => $state) {
                if (
                    // Only allow lines that are in the new rollout.
                    isset($this->lines[$id][$line]) ||
                    // Line already marked as covered.
                    (
                        isset($this->lines[$id][$line]) &&
                        (
                         $this->lines[$id][$line] !== Sqlite::COVERAGE_COVERED ||
                         $state > $this->lines[$id][$line]
                        )
                    )
                ) {
                    $this->lines[$id][$line] = $state;
                }
            }
        }
        unset($data);

        echo '.';
        $sql  = 'DELETE FROM all_lines WHERE files_id IN (' . $keys . ');';
        $this->db->exec($sql);

        $sql = 'INSERT INTO all_lines (files_id, linenumber, state) VALUES (:id, :line, :state);';
        $stmt = $this->db->prepare($sql);
        foreach ($this->lines as $file => $lines) {
            if (!is_array($lines)) {
                continue;
            }

            echo '.';
            foreach ($lines as $line => $state) {
                $stmt->bindValue(':id',    $file,  SQLITE3_INTEGER);
                $stmt->bindValue(':line',  $line,  SQLITE3_INTEGER);
                $stmt->bindValue(':state', $state, SQLITE3_INTEGER);
                $stmt->execute();
            }
        }

        echo "\ndone\n";
    }

    function addFile($path, $issource = 0)
    {
        $sql = 'SELECT id FROM files WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        $id = $this->db->querySingle($sql);
        if ($id === false) {
            throw new Exception('Unable to add file ' . $path . ' to database');
        }

        if ($id !== null) {
            $sql = 'UPDATE files SET hash = :md5, issource = :issource WHERE path = :path';
        } else {
            $sql = 'INSERT INTO files (path, hash, issource) VALUES(:path, :md5, :issource)';
        }

        $stmt = $this->db->prepare($sql);
        $stmt->bindValue(':path',     $path);
        $stmt->bindValue(':md5',      md5_file($path));
        $stmt->bindValue(':issource', $issource);
        if (!$stmt->execute()) {
            throw new Exception('Problem running this particular SQL: ' . $sql);
        }

        if ($id === null) {
            $id = $this->db->lastInsertRowID();
        }

        return $id;
    }

    public function addNoCoverageFiles()
    {
        echo "Adding files with no coverage information\n";

        // Start by pruning out files we already have information about
        $sql = 'SELECT * FROM files WHERE issource = 1';
        $result = $this->db->query($sql);
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $key = array_search($res['path'], $this->files);
            if (isset($this->files[$key])) {
                unset($this->files[$key]);
            }
        }

        $codepath = $this->codepath;
        spl_autoload_register(function($class) use ($codepath){
            $file = str_replace(array('\\', '_'), DIRECTORY_SEPARATOR, $class);
            if (file_exists($codepath . DIRECTORY_SEPARATOR . $file . '.php')) {
                include $codepath . DIRECTORY_SEPARATOR . $file . '.php';
                return true;
            }
            if ($file = stream_resolve_include_path($file . '.php')) {
                include $file;
                return true;
            }
            $fake_class = '<?php class '.$class.' {}';
            $fake_class_file = tempnam(sys_get_temp_dir(), 'pyrus_tmp');
            file_put_contents($fake_class_file, $fake_class);
            include $fake_class_file;
            unlink($fake_class_file);
            return true;
        });

        foreach ($this->files as $file) {
            if (empty($file)) {
                continue;
            }

            echo "$file\n";
            $id = $this->addFile($file, 1);

            // Figure out of the file has been already inclduded or not
            $included = false;

            $relative_file = substr($file, strlen($this->codepath . DIRECTORY_SEPARATOR), -4);

            // We need to try a few things here to actually find the correct class
            // Foo/Bar.php may mean Foo_Bar Foo\Bar or PEAR2\Foo\Bar
            $class       = str_replace('/', '_', $relative_file);
            $ns_class    = str_replace('/', '\\', $relative_file);
            $pear2_class = 'PEAR2\\' . $ns_class;

            $classes = array_merge(get_declared_classes(), get_declared_interfaces());

            if (in_array($class, $classes)
                || in_array($ns_class, $classes)
                || in_array($pear2_class, $classes)) {
                $included = true;
            }

            // Get basic coverage information on the file
            if ($included === false) {
                xdebug_start_code_coverage(XDEBUG_CC_UNUSED | XDEBUG_CC_DEAD_CODE);
                include $file;
                $data = xdebug_get_code_coverage(true);
                $this->lines[$id] = $data[$file];
            } else {
                /*
                 * @TODO files that already have been loaded need to have 
                 * their missing coverage lines added too
                 */
            }
        }

        echo "Done\n";
    }

    function addCoverage($testpath, $testid, $xdebug)
    {
        $sql = 'DELETE FROM coverage WHERE tests_id = ' . $testid . ';
                DELETE FROM coverage_nonsource WHERE tests_id = ' . $testid;
        $worked = $this->db->exec($sql);

        echo "\n";
        foreach ($xdebug as $path => $results) {
            if (!file_exists($path)) {
                continue;
            }

            $issource = 1;
            if (
                strpos($path, $this->codepath) !== 0 ||
                strpos($path, $this->testpath) === 0
            ) {
                $issource = 0;
            }

            echo ".";
            $id = $this->addFile($path, $issource);
            $key = array_search($path, $this->files);
            if (isset($this->files[$key])) {
                unset($this->files[$key]);
            }

            if ($issource) {
                if (!isset($this->lines[$id])) {
                    $this->lines[$id] = array();
                }
            } elseif (!$issource) {
                $sql2 = 'INSERT INTO coverage_nonsource
                        (files_id, tests_id)
                        VALUES(' . $id . ', ' . $testid . ')';
                $worked = $this->db->exec($sql2);
                if (!$worked) {
                    $error = $this->db->lastErrorMsg();
                    throw new Exception('Cannot add coverage for test ' . $testpath .
                                        ', covered file ' . $path . ': ' . $error);
                }
                continue;
            }

            $sql = '';
            foreach ($results as $line => $state) {
                if (!$line) {
                    continue; // line 0 does not exist, skip this (xdebug quirk)
                }

                if ($issource) {
                    if (
                        !isset($this->lines[$id][$line]) ||
                        // Line already marked as covered.
                        $this->lines[$id][$line] !== Sqlite::COVERAGE_COVERED ||
                        $state > $this->lines[$id][$line]
                    ) {
                        $this->lines[$id][$line] = $state;
                    }
                }

                $sql .= 'INSERT INTO coverage
                    (files_id, tests_id, linenumber, state)
                    VALUES (' . $id . ', ' . $testid . ', ' . $line . ', ' . $state. ');';
            }

            if ($sql !== '') {
                $worked = $this->db->exec($sql);
                if (!$worked) {
                    $error = $this->db->lastErrorMsg();
                    throw new Exception('Cannot add coverage for test ' . $testpath .
                                        ', covered file ' . $path . ': ' . $error . "\nSQL: $sql");
                }
            }
        }
    }

    function begin()
    {
        $this->db->exec('PRAGMA synchronous=OFF'); // make inserts super fast
        $this->db->exec('BEGIN');
    }

    function commit()
    {
        $this->db->exec('COMMIT');
        $this->db->exec('PRAGMA synchronous=NORMAL'); // make inserts super fast
        echo "Compatcing the database\n";
        $this->db->exec('VACUUM');
    }

    /**
     * Retrieve a list of .phpt tests that either have been modified,
     * or the files they access have been modified
     * @return array
     */
    function getModifiedTests()
    {
        // first scan for new .phpt files
        $tests = array();
        foreach (new \RegexIterator(
                    new \RecursiveIteratorIterator(
                        new \RecursiveDirectoryIterator($this->testpath,
                                                        0|\RecursiveDirectoryIterator::SKIP_DOTS)
                    ), '/\.phpt$/') as $file
        ) {
            if (strpos((string) $file, '.svn')) {
                continue;
            }

            $tests[] = realpath((string) $file);
        }

        $newtests = array();
        foreach ($tests as $path) {
            if ($path == $this->db->querySingle('SELECT testpath FROM tests WHERE testpath = "' .
                                       $this->db->escapeString($path) . '"')) {
                continue;
            }

            $newtests[] = $path;
        }

        $modifiedTests = $modifiedPaths = array();
        $paths = $this->retrievePaths(1);
        echo "Scanning ", count($paths), " source files";
        foreach ($paths as $path) {
            echo '.';

            $sql = 'SELECT id, hash, issource FROM files WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
            $result = $this->db->query($sql);
            while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
                if (!file_exists($path) || md5_file($path) == $res['hash']) {
                    if ($res['issource'] && !file_exists($path)) {
                        $this->db->exec('
                            DELETE FROM files WHERE id = '. $res['id'] .';
                            DELETE FROM coverage WHERE files_id = '. $res['id'] . ';
                            DELETE FROM all_lines WHERE files_id = '. $res['id'] . ';
                            DELETE FROM line_info WHERE files_id = '. $res['id'] . ';');
                    }
                    break;
                }

                $modifiedPaths[] = $path;
                // file is modified, get a list of tests that execute this file
                if ($res['issource']) {
                    $sql = '
                        SELECT t.testpath
                        FROM coverage c, tests t
                        WHERE
                            c.files_id = ' . $res['id'] . '
                          AND
                            t.id = c.tests_id';
                } else {
                    $sql = '
                        SELECT t.testpath
                        FROM coverage_nonsource c, tests t
                        WHERE
                            c.files_id = ' . $res['id'] . '
                          AND
                            t.id = c.tests_id';
                }

                $result2 = $this->db->query($sql);
                while ($res = $result2->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
                    $modifiedTests[$res[0]] = true;
                }

                break;
            }
        }

        echo "done\n";
        echo count($modifiedPaths), ' modified files resulting in ',
            count($modifiedTests), " modified tests\n";
        $paths = $this->retrieveTestPaths();
        echo "Scanning ", count($paths), " test paths";
        foreach ($paths as $path) {
            echo '.';
            $sql = '
                SELECT id, hash FROM tests where testpath = "' .
                $this->db->escapeString($path) . '"';
            $result = $this->db->query($sql);
            while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
                if (!file_exists($path)) {
                    $this->removeOldTest($path, $res['id']);
                    continue;
                }

                if (md5_file($path) != $res['hash']) {
                    $modifiedTests[$path] = true;
                }
            }
        }

        echo "done\n";
        echo count($newtests), ' new tests and ', count($modifiedTests), " modified tests should be re-run\n";
        return array_merge($newtests, array_keys($modifiedTests));
    }
}
EOF