PEAR2_Pyrus_DeveloperPEAR2_Pyrus_Developer-0.4.0/php/PEAR2/Pyrus/Developer/CoverageAnalyzer/pear2coverage.phar.php

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
1001
1002
1003
1004
1005
1006
1007
1008
1009
1010
1011
1012
1013
1014
1015
1016
1017
1018
1019
1020
1021
1022
1023
1024
1025
1026
1027
1028
1029
1030
1031
1032
1033
1034
1035
1036
1037
1038
1039
1040
1041
1042
1043
1044
1045
1046
1047
1048
1049
1050
1051
1052
1053
1054
1055
1056
1057
1058
1059
1060
1061
1062
1063
1064
1065
1066
1067
1068
1069
1070
1071
1072
1073
1074
1075
1076
1077
1078
1079
1080
1081
1082
1083
1084
1085
1086
1087
1088
1089
1090
1091
1092
1093
1094
1095
1096
1097
1098
1099
1100
1101
1102
1103
1104
1105
1106
1107
1108
1109
1110
1111
1112
1113
1114
1115
1116
1117
1118
1119
1120
1121
1122
1123
1124
1125
1126
1127
1128
1129
1130
1131
1132
1133
1134
1135
1136
1137
1138
1139
1140
1141
1142
1143
1144
1145
1146
1147
1148
1149
1150
1151
1152
1153
1154
1155
1156
1157
1158
1159
1160
1161
1162
1163
1164
1165
1166
1167
1168
1169
1170
1171
1172
1173
1174
1175
1176
1177
1178
1179
1180
1181
1182
1183
1184
1185
1186
1187
1188
1189
1190
1191
1192
1193
1194
1195
1196
1197
1198
1199
1200
1201
1202
1203
1204
1205
1206
1207
1208
1209
1210
1211
1212
1213
1214
1215
1216
1217
1218
1219
1220
1221
1222
1223
1224
1225
1226
1227
1228
1229
1230
1231
1232
1233
1234
1235
1236
1237
1238
1239
1240
1241
1242
1243
1244
1245
1246
1247
1248
1249
1250
1251
1252
1253
1254
1255
1256
1257
1258
1259
1260
1261
1262
1263
1264
1265
1266
1267
1268
1269
1270
1271
1272
1273
1274
1275
1276
1277
1278
1279
1280
1281
1282
1283
1284
1285
1286
1287
1288
1289
1290
1291
1292
1293
1294
1295
1296
1297
1298
1299
1300
1301
1302
1303
1304
1305
1306
1307
1308
1309
1310
1311
1312
1313
1314
1315
1316
1317
1318
1319
1320
1321
1322
1323
1324
1325
1326
1327
1328
1329
1330
1331
1332
1333
1334
1335
1336
1337
1338
1339
1340
1341
1342
1343
1344
1345
1346
1347
1348
1349
1350
1351
1352
1353
1354
1355
1356
1357
1358
1359
1360
1361
1362
1363
1364
1365
1366
1367
1368
1369
1370
1371
1372
1373
1374
1375
1376
1377
1378
1379
1380
1381
1382
1383
1384
1385
1386
1387
1388
1389
1390
1391
1392
1393
1394
1395
1396
1397
1398
1399
1400
1401
1402
1403
1404
1405
1406
1407
1408
1409
1410
1411
1412
1413
1414
1415
1416
1417
1418
1419
1420
1421
1422
1423
1424
1425
1426
1427
1428
1429
1430
1431
1432
1433
1434
1435
1436
1437
1438
1439
1440
1441
1442
1443
1444
1445
1446
1447
1448
1449
1450
1451
1452
1453
1454
1455
1456
1457
1458
1459
1460
1461
1462
1463
1464
1465
1466
1467
1468
1469
1470
1471
1472
1473
1474
1475
1476
1477
1478
1479
1480
1481
1482
1483
1484
1485
1486
1487
1488
1489
1490
1491
1492
1493
1494
1495
1496
1497
1498
1499
1500
1501
1502
1503
1504
1505
1506
1507
1508
1509
1510
1511
1512
1513
1514
1515
1516
1517
1518
1519
1520
1521
1522
1523
1524
1525
1526
1527
1528
1529
1530
1531
1532
1533
1534
1535
1536
1537
1538
1539
1540
1541
1542
1543
1544
1545
1546
1547
1548
1549
1550
1551
1552
1553
1554
1555
1556
1557
1558
1559
1560
1561
1562
1563
1564
1565
1566
1567
1568
1569
1570
1571
1572
1573
1574
1575
1576
1577
1578
1579
1580
1581
1582
1583
1584
1585
1586
1587
1588
1589
1590
1591
1592
1593
1594
1595
1596
1597
1598
1599
1600
1601
1602
1603
1604
1605
1606
1607
1608
1609
1610
1611
1612
1613
1614
1615
1616
1617
1618
1619
1620
1621
1622
1623
1624
1625
1626
1627
1628
1629
1630
1631
1632
1633
1634
1635
1636
1637
1638
1639
1640
1641
1642
1643
1644
1645
1646
1647
1648
1649
1650
1651
1652
1653
1654
1655
1656
1657
1658
1659
1660
1661
1662
1663
1664
1665
1666
1667
1668
1669
1670
1671
1672
1673
1674
1675
1676
1677
1678
1679
1680
1681
1682
1683
1684
1685
1686
1687
1688
1689
1690
1691
1692
1693
1694
1695
1696
1697
1698
1699
1700
1701
1702
1703
1704
1705
1706
1707
1708
1709
1710
1711
1712
1713
1714
1715
1716
1717
1718
1719
1720
1721
1722
1723
1724
1725
1726
1727
1728
1729
1730
1731
1732
1733
1734
1735
1736
1737
1738
1739
1740
1741
1742
1743
1744
1745
1746
1747
1748
1749
1750
1751
1752
1753
1754
1755
1756
1757
1758
1759
1760
1761
1762
1763
1764
1765
1766
1767
1768
1769
1770
1771
1772
1773
1774
1775
1776
1777
1778
1779
1780
1781
1782
1783
1784
1785
1786
1787
1788
1789
1790
1791
1792
1793
1794
1795
1796
1797
1798
1799
1800
1801
1802
1803
1804
1805
1806
1807
1808
1809
1810
1811
1812
1813
1814
1815
1816
1817
1818
1819
1820
1821
1822
1823
1824
1825
1826
1827
1828
1829
1830
1831
1832
1833
1834
1835
1836
1837
1838
1839
1840
1841
1842
1843
1844
1845
1846
1847
1848
1849
1850
1851
1852
1853
1854
1855
1856
1857
1858
1859
1860
1861
1862
1863
1864
1865
1866
1867
1868
1869
1870
1871
1872
1873
1874
1875
1876
1877
1878
1879
1880
1881
1882
1883
1884
1885
1886
1887
1888
1889
1890
1891
1892
1893
1894
1895
1896
1897
1898
1899
1900
1901
1902
1903
1904
1905
1906
1907
1908
1909
<?php
function __autoload($class)
{
    $class = str_replace("PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer", "", $class);
    include "phar://" . __FILE__ . str_replace("\\", "/", $class) . ".php";
}
Phar::webPhar("pear2coverage.phar.php");
echo "This phar is a web application, run within your web browser to use\n";
exit -1;
__HALT_COMPILER(); ?>
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\Web {
class Controller {
    protected $view;
    protected $sqlite;
    protected $rooturl;

    function __construct(View $view, $rooturl)
    {
        $this->view = $view;
        $view->setController($this);
        $this->rooturl = $rooturl;
    }

    function route()
    {
        if (!isset($_SESSION['fullpath']) || isset($_GET['restart'])) {
            unset($_SESSION['fullpath']);
            if (isset($_GET['setdatabase'])) {
                if (file_exists($_GET['setdatabase'])) {
                    try {
                        $this->sqlite = new Aggregator($_GET['setdatabase']);
                        $_SESSION['fullpath'] = $_GET['setdatabase'];
                        return $this->view->TOC($this->sqlite);
                    } catch (\Exception $e) {
                        echo $e->getMessage() . '<br />';
                        // fall through
                    }
                }
            }
            return $this->getDatabase();
        } else {
            try {
                $this->sqlite = new Aggregator($_SESSION['fullpath']);
                if (isset($_GET['test'])) {
                    if ($_GET['test'] === 'TOC') {
                        return $this->view->testTOC($this->sqlite);
                    }
                    if (isset($_GET['file'])) {
                        return $this->view->fileCoverage($this->sqlite, $_GET['file'], $_GET['test']);
                    }
                    return $this->view->testTOC($this->sqlite, $_GET['test']);
                }
                if (isset($_GET['file'])) {
                    if (isset($_GET['line'])) {
                        return $this->view->fileLineTOC($this->sqlite, $_GET['file'], $_GET['line']);
                    }
                    return $this->view->fileCoverage($this->sqlite, $_GET['file']);
                }
            } catch (\Exception $e) {
                echo $e->getMessage() . '<br \>';
            }
            return $this->view->TOC($this->sqlite);
        }
    }

    function getFileLink($file, $test = null, $line = null)
    {
        if ($line) {
            return $this->rooturl . '?file=' . urlencode($file) . '&line=' . $line;
        }
        if ($test) {
            return $this->rooturl . '?file=' . urlencode($file) . '&test=' . $test;
        }
        return $this->rooturl . '?file=' . urlencode($file);
    }

    function getTOCLink($test = false)
    {
        if ($test === true) {
            return $this->rooturl . '?test=TOC';
        }
        if ($test) {
            return $this->rooturl . '?test=' . urlencode($test);
        }
        return $this->rooturl;
    }

    function getLogoutLink()
    {
        return $this->rooturl . '?restart=1';
    }

    function getDatabase()
    {
        $this->sqlite = $this->view->getDatabase();
    }
}
}
?>
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\Web;
use PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\SourceFile;
/**
 * Takes a source file and outputs HTML source highlighting showing the
 * number of hits on each line, highlights un-executed lines in red
 */
class View
{
    protected $savePath;
    protected $testPath;
    protected $sourcePath;
    protected $source;
    protected $controller;

    function getDatabase()
    {
        $output = new \XMLWriter;
        if (!$output->openUri('php://output')) {
            throw new Exception('Cannot open output - this should never happen');
        }
        $output->startElement('html');
         $output->startElement('head');
          $output->writeElement('title', 'Enter a path to the database');
         $output->endElement();
         $output->startElement('body');
          $output->writeElement('h2', 'Please enter the path to a coverage database');
          $output->startElement('form');
           $output->writeAttribute('name', 'getdatabase');
           $output->writeAttribute('method', 'GET');
           $output->writeAttribute('action', $this->controller->getTOCLink());
           $output->startElement('input');
            $output->writeAttribute('size', '90');
            $output->writeAttribute('type', 'text');
            $output->writeAttribute('name', 'setdatabase');
           $output->endElement();
           $output->startElement('input');
            $output->writeAttribute('type', 'submit');
           $output->endElement();
          $output->endElement();
         $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->endDocument();
    }

    function setController($controller)
    {
        $this->controller = $controller;
    }

    function logoutLink(\XMLWriter $output)
    {
        $output->startElement('h5');
         $output->startElement('a');
          $output->writeAttribute('href', $this->controller->getLogoutLink());
          $output->text('Current database: ' . $_SESSION['fullpath'] . '.  Click to start over');
         $output->endElement();
        $output->endElement();
    }

    function TOC($sqlite)
    {
        $coverage = $sqlite->retrieveProjectCoverage();
        $this->renderSummary($sqlite, $sqlite->retrievePaths(), false, $coverage[1], $coverage[0], $coverage[2]);
    }

    function testTOC($sqlite, $test = null)
    {
        if ($test) {
            return $this->renderTestCoverage($sqlite, $test);
        }
        $this->renderTestSummary($sqlite);
    }

    function fileLineTOC($sqlite, $file, $line)
    {
        $source = new SourceFile($file, $sqlite, $sqlite->testpath, $sqlite->codepath);
        return $this->renderLineSummary($file, $line, $sqlite->testpath, $source->getLineLinks($line));
    }

    function fileCoverage($sqlite, $file, $test = null)
    {
        if ($test) {
            $source = new SourceFile\PerTest($file, $sqlite, $sqlite->testpath, $sqlite->codepath, $test);
        } else {
            $source = new SourceFile($file, $sqlite, $sqlite->testpath, $sqlite->codepath);
        }
        return $this->render($source, $test);
    }

    function mangleFile($path, $istest = false)
    {
        return $this->controller->getFileLink($path, $istest);
    }

    function mangleTestFile($path)
    {
        return $this->controller->getTOClink($path);
    }

    function getLineLink($name, $line)
    {
        return $this->controller->getFileLink($name, null, $line);
    }

    function renderLineSummary($name, $line, $testpath, $tests)
    {
        $output = new \XMLWriter;
        if (!$output->openUri('php://output')) {
            throw new Exception('Cannot render ' . $name . ' line ' . $line . ', opening XML failed');
        }
        $output->setIndentString(' ');
        $output->setIndent(true);
        $output->startElement('html');
        $output->startElement('head');
        $output->writeElement('title', 'Tests covering line ' . $line . ' of ' . $name);
        $output->startElement('link');
        $output->writeAttribute('href', 'cover.css');
        $output->writeAttribute('rel', 'stylesheet');
        $output->writeAttribute('type', 'text/css');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('body');
        $this->logoutLink($output);
        $output->writeElement('h2', 'Tests covering line ' . $line . ' of ' . $name);
        $output->startElement('p');
        $output->startElement('a');
        $output->writeAttribute('href', $this->controller->getTOCLink());
        $output->text('Aggregate Code Coverage for all tests');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('p');
        $output->startElement('a');
        $output->writeAttribute('href', $this->mangleFile($name));
        $output->text('File ' . $name . ' code coverage');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('ul');
        foreach ($tests as $testfile) {
            $output->startElement('li');
            $output->startElement('a');
            $output->writeAttribute('href', $this->mangleTestFile($testfile));
            $output->text(str_replace($testpath . '/', '', $testfile));
            $output->endElement();
            $output->endElement();
        }
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->endDocument();
    }

    /**
     * @param PEAR2\Pyrus\Developer\CodeCoverage\SourceFile $source
     * @param string $istest path to test file this is covering, or false for aggregate
     */
    function render(SourceFile $source, $istest = false)
    {
        $output = new \XMLWriter;
        if (!$output->openUri('php://output')) {
            throw new Exception('Cannot render ' . $source->shortName() . ', opening XML failed');
        }
        $output->setIndent(false);
        $output->startElement('html');
        $output->text("\n ");
        $output->startElement('head');
        $output->text("\n  ");
        if ($istest) {
            $output->writeElement('title', 'Code Coverage for ' . $source->shortName() . ' in ' .
                                  str_replace($source->testpath() . DIRECTORY_SEPARATOR, '', $istest));
        } else {
            $output->writeElement('title', 'Code Coverage for ' . $source->shortName());
        }
        $output->text("\n  ");
        $output->startElement('link');
        $output->writeAttribute('href', 'cover.css');
        $output->writeAttribute('rel', 'stylesheet');
        $output->writeAttribute('type', 'text/css');
        $output->endElement();
        $output->text("\n  ");
        $output->endElement();
        $output->text("\n ");
        $output->startElement('body');
        $output->text("\n ");
        $this->logoutLink($output);
        if ($istest) {
            $output->writeElement('h2', 'Code Coverage for ' . $source->shortName() . ' in ' .
                                  str_replace($source->testpath() . DIRECTORY_SEPARATOR, '', $istest));
        } else {
            $output->writeElement('h2', 'Code Coverage for ' . $source->shortName());
        }
        $output->text("\n ");
        $output->writeElement('h3', 'Coverage: ' . $source->coveragePercentage() . '% (Covered lines / Executable lines)');
        $info = $source->coverageInfo();
        $sourceCode = $source->source();

        $total = count($sourceCode);
        $output->writeRaw('<p><strong>' . $total . '</strong> total lines, of which <strong>' . $info[1] . '</strong> are executable, <strong>' . $info[2] .'</strong> are dead and <strong>' . ($total - $info[2] - $info[1]) . '</strong> are non-executable lines</p>');
        $output->writeRaw('<p>Of those <strong>' . $info[1] . '</strong> executable lines there are <strong>' . $info[0] . '</strong> lines covered with tests and <strong>' . ($info[1] - $info[0]) . '</strong> lack coverage</p>');
        $output->text("\n ");
        $output->startElement('p');
        $output->startElement('a');
        $output->writeAttribute('href', $this->controller->getTOCLink());
        $output->text('Aggregate Code Coverage for all tests');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('pre');

        foreach ($sourceCode as $num => $line) {
            $coverage = $source->coverage($num);

            $output->startElement('span');
            $output->writeAttribute('class', 'ln');
            $output->text(str_pad($num, 8, ' ', STR_PAD_LEFT));
            $output->endElement();

            if ($coverage === false) {
                $output->text(str_pad(': ', 13, ' ', STR_PAD_LEFT) . $line);
                continue;
            }

            $output->startElement('span');
            $cov = is_array($coverage) ? $coverage['coverage'] : $coverage;
            if ($cov === -2) {
                $output->writeAttribute('class', 'dead');
                $output->text('           ');
            } elseif ($cov < 1) {
                $output->writeAttribute('class', 'nc');
                $output->text('           ');
            } else {
                $output->writeAttribute('class', 'cv');
                if (!$istest) {
                    $output->startElement('a');
                    $output->writeAttribute('href', $this->getLineLink($source->name(), $num));
                }

                $text = is_string($coverage) ? $coverage : $coverage['link'];
                $output->text(str_pad($text, 10, ' ', STR_PAD_LEFT) . ' ');
                if (!$istest) {
                    $output->endElement();
                }
            }

            $output->text(': ' .  $line);
            $output->endElement();
        }

        $output->endElement();
        $output->text("\n ");
        $output->endElement();
        $output->text("\n ");
        $output->endElement();
        $output->endDocument();
    }

    function renderSummary(Aggregator $agg, array $results, $istest = false, $total = 1, $covered = 1, $dead = 1)
    {
        $output = new \XMLWriter;
        if (!$output->openUri('php://output')) {
            throw new Exception('Cannot render test summary, opening XML failed');
        }
        $output->setIndentString(' ');
        $output->setIndent(true);
        $output->startElement('html');
        $output->startElement('head');
        if ($istest) {
            $output->writeElement('title', 'Code Coverage Summary [' . $istest . ']');
        } else {
            $output->writeElement('title', 'Code Coverage Summary');
        }
        $output->startElement('link');
        $output->writeAttribute('href', 'cover.css');
        $output->writeAttribute('rel', 'stylesheet');
        $output->writeAttribute('type', 'text/css');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('body');
        if ($istest) {
            $output->writeElement('h2', 'Code Coverage Files for test ' . $istest);
        } else {
            $output->writeElement('h2', 'Code Coverage Files');
            $output->writeElement('h3', 'Total lines: ' . $total . ', covered lines: ' . $covered . ', dead lines: ' . $dead);
            $percent = 0;
            if ($total > 0) {
                $percent = round(($covered / $total) * 100, 1);
            }
            $output->startElement('p');
            if ($percent < 50) {
                $output->writeAttribute('class', 'bad');
            } elseif ($percent < 75) {
                $output->writeAttribute('class', 'ok');
            } else {
                $output->writeAttribute('class', 'good');
            }
            $output->text($percent . '% code coverage');
            $output->endElement();
        }
        $this->logoutLink($output);
        $output->startElement('p');
        $output->startElement('a');
        $output->writeAttribute('href', $this->controller->getTOCLink(true));
        $output->text('Code Coverage per PHPT test');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('ul');
        foreach ($results as $i => $name) {
            $output->flush();
            $source = new SourceFile($name, $agg, $agg->testpath, $agg->codepath, null, false);
            $output->startElement('li');
            $percent = $source->coveragePercentage();
            $output->startElement('div');
            if ($percent < 50) {
                $output->writeAttribute('class', 'bad');
            } elseif ($percent < 75) {
                $output->writeAttribute('class', 'ok');
            } else {
                $output->writeAttribute('class', 'good');
            }
            $output->text(' Coverage: ' . str_pad($percent . '%', 4, ' ', STR_PAD_LEFT));
            $output->endElement();
            $output->startElement('a');
            $output->writeAttribute('href', $this->mangleFile($name, $istest));
            $output->text($source->shortName());
            $output->endElement();
            $output->endElement();
        }
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->endDocument();
    }

    function renderTestSummary(Aggregator $agg)
    {
        $output = new \XMLWriter;
        if (!$output->openUri('php://output')) {
                throw new Exception('Cannot render tests summary, opening XML failed');
        }
        $output->setIndentString(' ');
        $output->setIndent(true);
        $output->startElement('html');
        $output->startElement('head');
        $output->writeElement('title', 'Test Summary');
        $output->startElement('link');
        $output->writeAttribute('href', 'cover.css');
        $output->writeAttribute('rel', 'stylesheet');
        $output->writeAttribute('type', 'text/css');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('body');
        $this->logoutLink($output);
        $output->writeElement('h2', 'Tests Executed, click for code coverage summary');
        $output->startElement('p');
        $output->startElement('a');
        $output->writeAttribute('href', $this->controller->getTOClink());
        $output->text('Aggregate Code Coverage for all tests');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('ul');
        foreach ($agg->retrieveTestPaths() as $test) {
            $output->startElement('li');
            $output->startElement('a');
            $output->writeAttribute('href', $this->mangleTestFile($test));
            $output->text(str_replace($agg->testpath . '/', '', $test));
            $output->endElement();
            $output->endElement();
        }
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->endDocument();
    }

    function renderTestCoverage(Aggregator $agg, $test)
    {
        $reltest = str_replace($agg->testpath . '/', '', $test);
        $output = new \XMLWriter;
        if (!$output->openUri('php://output')) {
            throw new Exception('Cannot render test ' . $reltest . ' coverage, opening XML failed');
        }
        $output->setIndentString(' ');
        $output->setIndent(true);
        $output->startElement('html');
        $output->startElement('head');
        $output->writeElement('title', 'Code Coverage Summary for test ' . $reltest);
        $output->startElement('link');
        $output->writeAttribute('href', 'cover.css');
        $output->writeAttribute('rel', 'stylesheet');
        $output->writeAttribute('type', 'text/css');
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->startElement('body');
        $this->logoutLink($output);
        $output->writeElement('h2', 'Code Coverage Files for test ' . $reltest);
        $output->startElement('ul');
        $paths = $agg->retrievePathsForTest($test);
        foreach ($paths as $name) {
            $source = new SourceFile\PerTest($name, $agg, $agg->testpath, $agg->codepath, $test);
            $output->startElement('li');
            $percent = $source->coveragePercentage();
            $output->startElement('div');
            if ($percent < 50) {
                $output->writeAttribute('class', 'bad');
            } elseif ($percent < 75) {
                $output->writeAttribute('class', 'ok');
            } else {
                $output->writeAttribute('class', 'good');
            }
            $output->text(' Coverage: ' . str_pad($source->coveragePercentage() . '%', 4, ' ', STR_PAD_LEFT));
            $output->endElement();
            $output->startElement('a');
            $output->writeAttribute('href', $this->mangleFile($name, $test));
            $output->text($source->shortName());
            $output->endElement();
            $output->endElement();
        }
        $output->endElement();
        $output->endElement();
        $output->endDocument();
    }
}
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\Web {
use PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer;
class Aggregator extends CoverageAnalyzer\Aggregator
{
    public $codepath;
    public $testpath;
    protected $sqlite;
    public $totallines = 0;
    public $totalcoveredlines = 0;

    /**
     * @var string $testpath Location of .phpt files
     * @var string $codepath Location of code whose coverage we are testing
     */
    function __construct($db = ':memory:')
    {
        $this->sqlite = new CoverageAnalyzer\Sqlite($db);
        $this->codepath = $this->sqlite->codepath;
        $this->testpath = $this->sqlite->testpath;
    }

    function retrieveLineLinks($file)
    {
        return $this->sqlite->retrieveLineLinks($file);
    }

    function retrievePaths()
    {
        return $this->sqlite->retrievePaths();
    }

    function retrievePathsForTest($test)
    {
        return $this->sqlite->retrievePathsForTest($test);
    }

    function retrieveTestPaths()
    {
        return $this->sqlite->retrieveTestPaths();
    }

    function coveragePercentage($sourcefile, $testfile = null)
    {
        return $this->sqlite->coveragePercentage($sourcefile, $testfile);
    }

    function coverageInfo($path)
    {
        return $this->sqlite->retrievePathCoverage($path);
    }

    function coverageInfoByTest($path, $test)
    {
        return $this->sqlite->retrievePathCoverageByTest($path, $test);
    }

    function retrieveCoverage($path)
    {
        return $this->sqlite->retrieveCoverage($path);
    }

    function retrieveProjectCoverage()
    {
        return $this->sqlite->retrieveProjectCoverage();
    }

    function retrieveCoverageByTest($path, $test)
    {
        return $this->sqlite->retrieveCoverageByTest($path, $test);
    }
}
}
?>
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\Web {
class Exception extends \Exception {}
}
?>
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer;
class SourceFile
{
    protected $source;
    protected $path;
    protected $sourcepath;
    protected $coverage;
    protected $aggregator;
    protected $testpath;
    protected $linelinks;

    function __construct($path, Aggregator $agg, $testpath, $sourcepath, $coverage = true)
    {
        $this->source = file($path);
        $this->path = $path;
        $this->sourcepath = $sourcepath;

        array_unshift($this->source, '');
        unset($this->source[0]); // make source array indexed by line number

        $this->aggregator = $agg;
        $this->testpath = $testpath;
        if ($coverage === true) {
            $this->setCoverage();
        }
    }

    function setCoverage()
    {
        $this->coverage = $this->aggregator->retrieveCoverage($this->path);
    }

    function aggregator()
    {
        return $this->aggregator;
    }

    function testpath()
    {
        return $this->testpath;
    }

    function render(AbstractSourceDecorator $decorator = null)
    {
        if ($decorator === null) {
            $decorator = new DefaultSourceDecorator('.');
        }
        return $decorator->render($this);
    }

    function coverage($line = null)
    {
        if ($line === null) {
            return $this->coverage;
        }

        if (!isset($this->coverage[$line])) {
            return false;
        }

        return $this->coverage[$line];
    }

    function coveragePercentage()
    {
        return $this->aggregator->coveragePercentage($this->path);
    }

    function coverageInfo()
    {
        return $this->aggregator->coverageInfo($this->path);
    }

    function name()
    {
        return $this->path;
    }

    function shortName()
    {
        return str_replace($this->sourcepath . DIRECTORY_SEPARATOR, '', $this->path);
    }

    function source()
    {
        $cov = $this->coverage();
        if (empty($cov)) {
            return $this->source;
        }

        /* Make sure we have as many lines as required
         * Sometimes Xdebug returns coverage on one line beyond what
         * our file has, this is PHP doing a return on the file.
         */
        $endLine = max(array_keys($cov));
        if (count($this->source) < $endLine) {
            // Add extra new line if required since we use <pre> to format
            $secondLast = $endLine - 1;
            $this->source[$secondLast] = str_replace("\r", '', $this->source[$secondLast]);
            $len = strlen($this->source[$secondLast]) - 1;
            if (substr($this->source[$secondLast], $len) != "\n") {
                $this->source[$secondLast] .= "\n";
            }

            $this->source[$endLine] = "\n";
        }

        return $this->source;
    }

    function coveredLines()
    {
        $info = $this->aggregator->coverageInfo($this->path);
        return $info[0];
    }

    function getLineLinks($line)
    {
        if (!isset($this->linelinks)) {
            $this->linelinks = $this->aggregator->retrieveLineLinks($this->path);
        }

        if (isset($this->linelinks[$line])) {
            return $this->linelinks[$line];
        }

        return false;
    }
}<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer {
class Aggregator
{
    protected $codepath;
    protected $testpath;
    protected $sqlite;
    public $totallines = 0;
    public $totalcoveredlines = 0;

    /**
     * @var string $testpath Location of .phpt files
     * @var string $codepath Location of code whose coverage we are testing
     */
    function __construct($testpath, $codepath, $db = ':memory:')
    {
        $newcodepath = realpath($codepath);
        if (!$newcodepath) {
            if (!strpos($codepath, '://') || !file_exists($codepath)) {
                // stream wrapper not found
                throw new Exception('Can not find code path ' . $codepath);
            }
        } else {
            $codepath = $newcodepath;
        }

        $files = array();
        foreach (new \RegexIterator(
                    new \RecursiveIteratorIterator(
                        new \RecursiveDirectoryIterator($codepath, 0|\RecursiveDirectoryIterator::SKIP_DOTS)
                    ),
                    '/\.php$/') as $file) {
            if (strpos((string) $file, '.svn') || strpos($testpath, (string)$file)) {
                continue;
            }

            $files[] = realpath((string) $file);
        }

        $this->sqlite = new Sqlite($db, $codepath, $testpath, $files);
        $this->codepath = $codepath;
        $this->sqlite->begin();
        echo "Scanning for xdebug coverage files...";
        $files = $this->scan($testpath);
        echo "done\n";
        $infostring = '';
        echo "Parsing xdebug results\n";
        if (!count($files)) {
            echo "done (no modified xdebug files)\n";
            return;
        }

        $delete = array();
        foreach ($files as $testid => $xdebugfile) {
            $phpt = str_replace('.xdebug', '.phpt', $xdebugfile);
            if (!file_exists($phpt)) {
                $delete[] = $xdebugfile;
                continue;
            }

            $id = $this->sqlite->addTest($phpt);
            echo '(' . $testid . ' of ' . count($files) . ') ' . $xdebugfile;
            $this->retrieveXdebug($xdebugfile, $id);
            echo "done\n";
        }

        echo "done\n";
        $this->sqlite->addNoCoverageFiles();
        $this->sqlite->updateAllLines();
        $this->sqlite->updateTotalCoverage();
        $this->sqlite->commit();

        if (count($delete)) {
            echo "\nWARNING: The following .xdebug files are outdated relics and should be deleted\n";
            foreach ($delete as $d) {
                echo "$d\n";
            }
        }
    }

    function retrieveLineLinks($file)
    {
        return $this->sqlite->retrieveLineLinks($file);
    }

    function retrievePaths()
    {
        return $this->sqlite->retrievePaths();
    }

    function retrievePathsForTest($test)
    {
        return $this->sqlite->retrievePathsForTest($test);
    }

    function retrieveTestPaths()
    {
        return $this->sqlite->retrieveTestPaths();
    }

    function coveragePercentage($sourcefile, $testfile = null)
    {
        return $this->sqlite->coveragePercentage($sourcefile, $testfile);
    }

    function coverageInfo($path)
    {
        return $this->sqlite->retrievePathCoverage($path);
    }

    function coverageInfoByTest($path, $test)
    {
        return $this->sqlite->retrievePathCoverageByTest($path, $test);
    }

    function retrieveCoverage($path)
    {
        return $this->sqlite->retrieveCoverage($path);
    }

    function retrieveCoverageByTest($path, $test)
    {
        return $this->sqlite->retrieveCoverageByTest($path, $test);
    }

    function retrieveProjectCoverage()
    {
        return $this->sqlite->retrieveProjectCoverage();
    }

    function retrieveXdebug($path, $testid)
    {
        $source = '$xdebug = ' . file_get_contents($path) . ";\n";
        eval($source);
        $this->sqlite->addCoverage(str_replace('.xdebug', '.phpt', $path), $testid, $xdebug);
    }

    function scan($testpath)
    {
        $a = $testpath;
        $testpath = realpath($testpath);
        if (!$testpath) {
            throw new Exception('Unable to process path' . $a);
        }

        $testpath = str_replace('\\', '/', $testpath);
        $this->testpath = $testpath;

        // get a list of all xdebug files
        $xdebugs = array();
        foreach (new \RegexIterator(
                                    new \RecursiveIteratorIterator(
                                        new \RecursiveDirectoryIterator($testpath,
                                                                        0|\RecursiveDirectoryIterator::SKIP_DOTS)),
                                    '/\.xdebug$/') as $file) {
            if (strpos((string) $file, '.svn')) {
                continue;
            }
            $xdebugs[] = realpath((string) $file);
        }
        echo count($xdebugs), ' total...';

        $unmodified = $modified = array();
        foreach ($xdebugs as $path) {
            if ($this->sqlite->unChangedXdebug($path)) {
                $unmodified[$path] = true;
                continue;
            }

            $modified[] = $path;
        }

        $xdebugs = $modified;
        sort($xdebugs);
        // index from 1
        array_unshift($xdebugs, '');
        unset($xdebugs[0]);
        $test = array_flip($xdebugs);
        foreach ($this->sqlite->retrieveTestPaths() as $path) {
            $xdebugpath = str_replace('.phpt', '.xdebug', $path);
            if (isset($test[$xdebugpath]) || isset($unmodified[$xdebugpath])) {
                continue;
            }

            // remove outdated tests
            echo "Removing results from $xdebugpath\n";
            $this->sqlite->removeOldTest($path);
        }

        return $xdebugs;
    }

    function render($toPath)
    {
        $decorator = new DefaultSourceDecorator($toPath, $this->testpath, $this->codepath);
        echo "Generating project coverage data...";
        $coverage = $this->sqlite->retrieveProjectCoverage();
        echo "done\n";
        $decorator->renderSummary($this, $this->retrievePaths(), $this->codepath, false, $coverage[1],
                                  $coverage[0], $coverage[2]);
        $a = $this->codepath;
        echo "[Step 2 of 2] Rendering per-test coverage...";
        $decorator->renderTestCoverage($this, $this->testpath, $a);
        echo "done\n";
    }
}
}
?>
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer {
class Exception extends \Exception {}
}
?>
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer;
class Sqlite
{
    protected $db;
    protected $totallines = 0;
    protected $coveredlines = 0;
    protected $deadlines = 0;
    protected $pathCovered = array();
    protected $pathTotal = array();
    protected $pathDead = array();
    public $codepath;
    public $testpath;

    private $statement;
    private $lines = array();
    private $files = array();

    const COVERAGE_COVERED      = 1;
    const COVERAGE_NOT_EXECUTED = 0;
    const COVERAGE_NOT_COVERED  = -1;
    const COVERAGE_DEAD         = -2;

    function __construct($path = ':memory:', $codepath = null, $testpath = null, $codefiles = array())
    {
        $this->files = $codefiles;
        $this->db = new \Sqlite3($path);
        $this->db->exec('PRAGMA temp_store=2');
        $this->db->exec('PRAGMA count_changes=OFF');

        $version = '5.3.0';
        $sql = 'SELECT version FROM analyzerversion';
        if (@$this->db->querySingle($sql) == $version) {
            $this->codepath = $this->db->querySingle('SELECT codepath FROM paths');
            $this->testpath = $this->db->querySingle('SELECT testpath FROM paths');
            return;
        }

        // restart the database
        echo "Upgrading database to version $version";
        if (!$codepath || !$testpath) {
            throw new Exception('Both codepath and testpath must be set in ' .
                                'order to initialize a coverage database');
        }

        $this->codepath = $codepath;
        $this->testpath = $testpath;
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS coverage;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS coverage_nonsource;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS not_covered;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS files;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS tests;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS paths;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS coverage_per_file;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS line_info;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS all_lines;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS xdebugs;');
        echo ".";
        $this->db->exec('DROP TABLE IF EXISTS analyzerversion;');

        echo ".";
        $this->db->exec('BEGIN');

        $sql = '
            CREATE TABLE coverage (
              files_id integer NOT NULL,
              tests_id integer NOT NULL,
              linenumber INTEGER NOT NULL,
              state INTEGER NOT NULL,
              PRIMARY KEY (files_id, linenumber, tests_id)
            );

            CREATE INDEX idx_coveragestats  ON coverage (files_id, tests_id, state);
            CREATE INDEX idx_coveragestats2 ON coverage (files_id, linenumber, tests_id, state);
            CREATE INDEX idx_coveragestats3 ON coverage (files_id, tests_id);

            CREATE TABLE all_lines (
              files_id integer NOT NULL,
              linenumber INTEGER NOT NULL,
              state INTEGER NOT NULL,
              PRIMARY KEY (files_id, linenumber, state)
            );

             CREATE INDEX idx_all_lines_stats ON all_lines (files_id, linenumber);

            CREATE TABLE line_info (
              files_id integer NOT NULL,
              covered INTEGER NOT NULL,
              dead  INTEGER NOT NULL,
              total INTEGER NOT NULL,
              PRIMARY KEY (files_id)
            );
          ';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE coverage_nonsource (
            files_id integer NOT NULL,
            tests_id integer NOT NULL,
            PRIMARY KEY (files_id, tests_id)
          );
          ';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE files (
            id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
            path TEXT(500) NOT NULL,
            hash TEXT(32) NOT NULL,
            issource BOOL NOT NULL,
            UNIQUE (path)
          );
          CREATE INDEX files_issource on files (issource);
          ';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE xdebugs (
            path TEXT(500) NOT NULL,
            hash TEXT(32) NOT NULL,
            PRIMARY KEY (path)
          );';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE tests (
            id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,
            testpath TEXT(500) NOT NULL,
            hash TEXT(32) NOT NULL,
            UNIQUE (testpath)
          );';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          CREATE TABLE analyzerversion (
            version TEXT(5) NOT NULL
          );

          INSERT INTO analyzerversion VALUES("' . $version . '");

          CREATE TABLE paths (
            codepath TEXT NOT NULL,
            testpath TEXT NOT NULL
          );';
        $this->exec($sql);

        echo ".";
        $sql = '
          INSERT INTO paths VALUES(
            "' . $this->db->escapeString($codepath) . '",
            "' . $this->db->escapeString($testpath). '");';
        $this->exec($sql);
        $this->db->exec('COMMIT');
        echo "done\n";
    }

    public function exec($sql)
    {
        $worked = $this->db->exec($sql);
        if (!$worked) {
            @$this->db->exec('ROLLBACK');
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Unable to create Code Coverage SQLite3 database: ' . $error);
        }
    }

    function retrieveLineLinks($file, $id = null)
    {
        if ($id === null) {
            $id = $this->getFileId($file);
        }

        $sql = 'SELECT t.testpath, c.linenumber
            FROM
                coverage c, tests t
            WHERE
                c.files_id = ' . $id . ' AND t.id = c.tests_id';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve line links for ' . $file .
                                ' line #' . $line .  ': ' . $error);
        }

        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $ret[$res['linenumber']][] = $res['testpath'];
        }
        return $ret;
    }

    function retrieveTestPaths()
    {
        $sql = 'SELECT testpath from tests ORDER BY testpath';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve test paths :' . $error);
        }
        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
            $ret[] = $res[0];
        }
        return $ret;
    }

    function retrievePathsForTest($test, $all = 0)
    {
        $id = $this->getTestId($test);
        $ret = array();
        if ($all) {
            $sql = '
                SELECT DISTINCT path
                FROM coverage_nonsource c, files
                WHERE c.tests_id = ' . $id . '
                    AND files.id = c.files_id
                GROUP BY c.files_id
                ORDER BY path';
            $result = $this->db->query($sql);
            if (!$result) {
                $error = $this->db->lastErrorMsg();
                throw new Exception('Cannot retrieve file paths for test ' . $test . ':' . $error);
            }

            while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
                $ret[] = $res[0];
            }
        }

        $sql = '
            SELECT DISTINCT path
            FROM coverage c, files
            WHERE
                c.tests_id = ' . $id . '
              AND
                files.id = c.files_id
            GROUP BY c.files_id
            ORDER BY path';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve file paths for test ' . $test . ':' . $error);
        }

        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
            $ret[] = $res[0];
        }

        return $ret;
    }

    function retrievePaths($all = 0)
    {
        if ($all) {
            $sql = 'SELECT path from files ORDER BY path';
        } else {
            $sql = 'SELECT path from files WHERE issource = 1 ORDER BY path';
        }

        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve file paths :' . $error);
        }

        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
            $ret[] = $res[0];
        }

        return $ret;
    }

    function coveragePercentage($sourcefile, $testfile = null)
    {
        if ($testfile) {
            $coverage = $this->retrievePathCoverageByTest($sourcefile, $testfile);
        } else {
            $coverage = $this->retrievePathCoverage($sourcefile);
        }

        if ($coverage[1]) {
            return round(($coverage[0] / $coverage[1]) * 100, 1);
        }

        return 0;
    }

    function retrieveProjectCoverage($path = null)
    {
        if ($this->totallines) {
            return array($this->coveredlines, $this->totallines, $this->deadlines);
        }

        $sql = '
            SELECT covered, total, dead, path
            FROM line_info, files
            WHERE files.id = line_info.files_id';
        if ($path !== null) {
            $sql .= ' AND files.path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        }

        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve coverage for ' . $path.  ': ' . $error);
        }

        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $this->pathTotal[$res['path']]   = $res['total'];
            $this->pathCovered[$res['path']] = $res['covered'];
            $this->pathDead[$res['path']]    = $res['dead'];
            $this->coveredlines += $res['covered'];
            $this->totallines   += $res['total'];
            $this->deadlines    += $res['dead'];
        }

        return array($this->coveredlines, $this->totallines, $this->deadlines);
    }

    function retrievePathCoverage($path)
    {
        if (!$this->totallines) {
            // set up the cache
            $this->retrieveProjectCoverage($path);
        }

        if (!isset($this->pathCovered[$path])) {
            return array(0, 0, 0);
        }

        return array($this->pathCovered[$path], $this->pathTotal[$path], $this->pathDead[$path]);
    }

    function retrievePathCoverageByTest($path, $test)
    {
        $id = $this->getFileId($path);
        $testid = $this->getTestId($test);

        $sql = '
            SELECT state, COUNT(linenumber) AS ln
            FROM coverage
            WHERE files_id = ' . $id. ' AND tests_id = ' . $testid . '
            GROUP BY state';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve path coverage for ' . $path .
                                ' in test ' . $test . ': ' . $error);
        }

        $total = $dead = $covered = 0;
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            if ($res['state'] === Sqlite::COVERAGE_COVERED) {
                $covered = $res['ln'];
            }

            if ($res['state'] === Sqlite::COVERAGE_DEAD) {
                $dead = $res['ln'];
            }

            $total += $res['ln'];
        }

        return array($covered, $total, $dead);
    }

    function retrieveCoverageByTest($path, $test)
    {
        $id = $this->getFileId($path);
        $testid = $this->getTestId($test);

        $sql = 'SELECT state AS coverage, linenumber FROM coverage
                    WHERE files_id = ' . $id . ' AND tests_id = ' . $testid . '
                    ORDER BY linenumber ASC';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve test ' . $test .
                                ' coverage for ' . $path.  ': ' . $error);
        }

        $ret = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            $ret[$res['linenumber']] = $res['coverage'];
        }

        return $ret;
    }

    function getFileId($path)
    {
        $sql = 'SELECT id FROM files WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) .'"';
        $id = $this->db->querySingle($sql);
        if ($id === false || $id === null) {
            throw new Exception('Unable to retrieve file ' . $path . ' id from database');
        }

        return $id;
    }

    function getTestId($path)
    {
        $sql = 'SELECT id FROM tests WHERE testpath = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        $id = $this->db->querySingle($sql);
        if ($id === false || $id === null) {
            throw new Exception('Unable to retrieve test file ' . $path . ' id from database');
        }

        return $id;
    }

    function removeOldTest($testpath, $id = null)
    {
        if ($id === null) {
            $id = $this->getTestId($testpath);
        }

        echo "deleting old test ", $testpath,'.';
        $this->db->exec('DELETE FROM tests WHERE id = ' . $id);
        echo '.';
        $this->db->exec('DELETE FROM coverage WHERE tests_id = ' . $id);
        echo '.';
        $this->db->exec('DELETE FROM coverage_nonsource WHERE tests_id = ' . $id);
        echo '.';
        $this->db->exec('DELETE FROM xdebugs WHERE path = "' .
                        $this->db->escapeString(str_replace('.phpt', '.xdebug', $testpath)) . '"');
        echo "done\n";
    }

    function addTest($testpath, $id = null)
    {
        try {
            $id = $this->getTestId($testpath);
            $this->db->exec('UPDATE tests SET hash = "' . md5_file($testpath) . '" WHERE id = ' . $id);
        } catch (Exception $e) {
            echo "Adding new test $testpath\n";
            $sql = 'INSERT INTO tests (testpath, hash) VALUES(:testpath, :md5)';
            $stmt = $this->db->prepare($sql);
            $stmt->bindValue(':testpath', $testpath);
            $stmt->bindValue(':md5', md5_file($testpath));
            $stmt->execute();
            $id = $this->db->lastInsertRowID();
        }

        $file  = str_replace('.phpt', '.xdebug', $testpath);
        $sql = 'REPLACE INTO xdebugs (path, hash) VALUES(:path, :md5)';
        $stmt = $this->db->prepare($sql);
        $stmt->bindValue(':path', $file);
        $stmt->bindValue(':md5', md5_file($file));
        $stmt->execute();

        return $id;
    }

    function unChangedXdebug($path)
    {
        $sql = 'SELECT hash FROM xdebugs WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        $md5 = $this->db->querySingle($sql);
        if (!$md5 || $md5 != md5_file($path)) {
            return false;
        }

        return true;
    }

    function retrieveCoverage($path)
    {
        $id = $this->getFileId($path);
        $links = $this->retrieveLineLinks($path, $id);
        $links = array_map(function ($arr) {return count($arr);}, $links);

        $sql = '
            SELECT state AS coverage, linenumber
            FROM all_lines
            WHERE files_id = ' . $id . '
            ORDER BY linenumber ASC';
        $result = $this->db->query($sql);
        if (!$result) {
            $error = $this->db->lastErrorMsg();
            throw new Exception('Cannot retrieve coverage for ' . $path.  ': ' . $error);
        }

        $return = array();
        while ($res = $result->fetchArray()) {
            if (!isset($return[$res['linenumber']])) {
                $return[$res['linenumber']] = array();
            }

            if (
                !isset($return[$res['linenumber']]['coverage']) ||
                $return[$res['linenumber']]['coverage'] !== Sqlite::COVERAGE_COVERED
            ) {
                // Found a case where a line could be dead and not covered, we still don't know why
                if (
                    isset($return[$res['linenumber']]['coverage']) &&
                    $return[$res['linenumber']]['coverage'] === Sqlite::COVERAGE_NOT_COVERED &&
                    $res['coverage'] === Sqlite::COVERAGE_DEAD
                ) {
                    continue;
                }

                $return[$res['linenumber']]['coverage'] = $res['coverage'];
            }


            if (isset($links[$res['linenumber']])) {
                $return[$res['linenumber']]['link'] = $links[$res['linenumber']];
            } else {
                $return[$res['linenumber']]['link'] = 0;
            }
        }

        return $return;
    }

    function updateTotalCoverage()
    {
        echo "Updating coverage per-file intermediate table\n";

        $sql = '
            SELECT files_id, linenumber, state
            FROM all_lines
            ORDER BY files_id, linenumber ASC';
        $result = $this->db->query($sql);
        $lines = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            if (!isset($lines[$res['files_id']])) {
                $lines[$res['files_id']] = array();
            }

            $lines[$res['files_id']][$res['linenumber']] = $res['state'];
        }

        $ret = array();
        foreach ($lines as $file => $lines) {
            $ret[$file]['covered']     = 0;
            $ret[$file]['dead']        = 0;
            $ret[$file]['not_covered'] = 0;
            foreach (array_count_values($lines) as $state => $count) {
                if ($state === Sqlite::COVERAGE_COVERED) {
                    $ret[$file]['covered'] = $count;
                }

                if ($state === Sqlite::COVERAGE_NOT_COVERED) {
                    $ret[$file]['not_covered'] = $count;
                }

                if ($state === Sqlite::COVERAGE_DEAD) {
                    $ret[$file]['dead'] = $count;
                }
            }
        }

        foreach ($ret as $id => $line) {
            $covered     = $line['covered'];
            $dead        = $line['dead'];
            $not_covered = $line['not_covered'];
            $this->db->exec('REPLACE INTO line_info (files_id, covered, dead, total)
                            VALUES(' . $id . ',' . $covered . ',' . $dead . ',' . ($covered + $not_covered) . ')');
            echo ".";
        }

        echo "\ndone\n";
    }

    public function updateAllLines()
    {
        echo "Updating the all lines internal table\n";

        $keys = implode(', ', array_keys($this->lines));
        $sql = '
            SELECT files_id, linenumber, state
            FROM all_lines
            WHERE files_id IN (' . $keys . ')
            ORDER BY linenumber ASC';

        $result = $this->db->query($sql);
        $data = array();
        while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
            if (!isset($data[$res['files_id']])) {
                $data[$res['files_id']] = array();
            }

            $data[$res['files_id']][$res['linenumber']] = $res['state'];
        }

        foreach ($data as $id => $lines) {
            foreach ($lines as $line => $state) {
                if (
                    // Only allow lines that are in the new rollout.
                    isset($this->lines[$id][$line]) ||
                    // Line already marked as covered.
                    (isset($this->lines[$id][$line]) && $this->lines[$id][$line] !== 1)
                ) {
                    $this->lines[$id][$line] = $state;
                }
            }
        }
        unset($data);

        echo '.';
        $sql  = 'DELETE FROM all_lines WHERE files_id IN (' . $keys . ');';
        $this->db->exec($sql);

        $sql = 'INSERT INTO all_lines (files_id, linenumber, state) VALUES (:id, :line, :state);';
        $stmt = $this->db->prepare($sql);
        foreach ($this->lines as $file => $lines) {
            if (!is_array($lines)) {
                continue;
            }

            echo '.';
            foreach ($lines as $line => $state) {
                $stmt->bindValue(':id',    $file,  SQLITE3_INTEGER);
                $stmt->bindValue(':line',  $line,  SQLITE3_INTEGER);
                $stmt->bindValue(':state', $state, SQLITE3_INTEGER);
                $stmt->execute();
            }
        }

        echo "\ndone\n";
    }

    function addFile($path, $issource = 0)
    {
        $sql = 'SELECT id FROM files WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
        $id = $this->db->querySingle($sql);
        if ($id === false) {
            throw new Exception('Unable to add file ' . $path . ' to database');
        }

        if ($id !== null) {
            $sql = 'UPDATE files SET hash = :md5, issource = :issource WHERE path = :path';
        } else {
            $sql = 'INSERT INTO files (path, hash, issource) VALUES(:path, :md5, :issource)';
        }

        $stmt = $this->db->prepare($sql);
        $stmt->bindValue(':path',     $path);
        $stmt->bindValue(':md5',      md5_file($path));
        $stmt->bindValue(':issource', $issource);
        if (!$stmt->execute()) {
            throw new Exception('Problem running this particular SQL: ' . $sql);
        }

        if ($id === null) {
            $id = $this->db->lastInsertRowID();
        }

        return $id;
    }

    public function addNoCoverageFiles()
    {
        echo "Adding files with no coverage information\n";
        foreach ($this->files as $file) {
            echo "$file\n";
            $id = $this->addFile($file, 1);

            // Figure out of the file has been already inclduded or not
            $included = false;

            $class = str_replace(array($this->codepath, '.php'), '', $file);
            $class = 'pear2' . str_replace('/', '\\', $class);

            $classes = array_merge(get_declared_classes(), get_declared_interfaces());
            if (in_array($class, $classes)) {
                $included = true;
            }

            // Get basic coverage information on the file
            if ($included === false) {
                xdebug_start_code_coverage(XDEBUG_CC_UNUSED | XDEBUG_CC_DEAD_CODE);
                if (!class_exists($class) && !interface_exists($class)) {
                    include $file;
                }
                $data = xdebug_get_code_coverage(true);
                $this->lines[$id] = $data[$file];
            }
        }

        echo "Done\n";
    }

    function addCoverage($testpath, $testid, $xdebug)
    {
        $sql = 'DELETE FROM coverage WHERE tests_id = ' . $testid . ';
                DELETE FROM coverage_nonsource WHERE tests_id = ' . $testid;
        $worked = $this->db->exec($sql);

        echo "\n";
        foreach ($xdebug as $path => $results) {
            if (!file_exists($path)) {
                continue;
            }

            $issource = 1;
            if (
                strpos($path, $this->codepath) !== 0 ||
                strpos($path, $this->testpath) === 0
            ) {
                $issource = 0;
            }

            echo ".";
            $id = $this->addFile($path, $issource);
            $key = array_search($path, $this->files);
            if (isset($this->files[$key])) {
                unset($this->files[$key]);
            }

            if ($issource) {
                if (!isset($this->lines[$id])) {
                    $this->lines[$id] = array();
                }
            } elseif (!$issource) {
                $sql2 = 'INSERT INTO coverage_nonsource
                        (files_id, tests_id)
                        VALUES(' . $id . ', ' . $testid . ')';
                $worked = $this->db->exec($sql2);
                if (!$worked) {
                    $error = $this->db->lastErrorMsg();
                    throw new Exception('Cannot add coverage for test ' . $testpath .
                                        ', covered file ' . $path . ': ' . $error);
                }
                continue;
            }

            $sql = '';
            foreach ($results as $line => $state) {
                if (!$line) {
                    continue; // line 0 does not exist, skip this (xdebug quirk)
                }

                if ($issource) {
                    if (
                        !isset($this->lines[$id][$line]) ||
                        // Line already marked as covered.
                        $this->lines[$id][$line] !== 1
                    ) {
                        $this->lines[$id][$line] = $state;
                    }
                }

                $sql .= 'INSERT INTO coverage
                    (files_id, tests_id, linenumber, state)
                    VALUES (' . $id . ', ' . $testid . ', ' . $line . ', ' . $state. ');';
            }

            if ($sql !== '') {
                $worked = $this->db->exec($sql);
                if (!$worked) {
                    $error = $this->db->lastErrorMsg();
                    throw new Exception('Cannot add coverage for test ' . $testpath .
                                        ', covered file ' . $path . ': ' . $error . "\nSQL: $sql");
                }
            }
        }
    }

    function begin()
    {
        $this->db->exec('PRAGMA synchronous=OFF'); // make inserts super fast
        $this->db->exec('BEGIN');
    }

    function commit()
    {
        $this->db->exec('COMMIT');
        $this->db->exec('PRAGMA synchronous=NORMAL'); // make inserts super fast
        echo "Compatcing the database\n";
        $this->db->exec('VACUUM');
    }

    /**
     * Retrieve a list of .phpt tests that either have been modified,
     * or the files they access have been modified
     * @return array
     */
    function getModifiedTests()
    {
        // first scan for new .phpt files
        $tests = array();
        foreach (new \RegexIterator(
                                    new \RecursiveIteratorIterator(
                                        new \RecursiveDirectoryIterator($this->testpath,
                                                                        0|\RecursiveDirectoryIterator::SKIP_DOTS)),
                                    '/\.phpt$/') as $file) {
            if (strpos((string) $file, '.svn')) {
                continue;
            }

            $tests[] = realpath((string) $file);
        }

        $newtests = array();
        foreach ($tests as $path) {
            if ($path == $this->db->querySingle('SELECT testpath FROM tests WHERE testpath = "' .
                                       $this->db->escapeString($path) . '"')) {
                continue;
            }

            $newtests[] = $path;
        }

        $modifiedTests = $modifiedPaths = array();
        $paths = $this->retrievePaths(1);
        echo "Scanning ", count($paths), " source files";
        foreach ($paths as $path) {
            echo '.';

            $sql = 'SELECT id, hash, issource FROM files WHERE path = "' . $this->db->escapeString($path) . '"';
            $result = $this->db->query($sql);
            while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
                if (!file_exists($path) || md5_file($path) == $res['hash']) {
                    if ($res['issource'] && !file_exists($path)) {
                        $this->db->exec('
                            DELETE FROM files WHERE id = '. $res['id'] .';
                            DELETE FROM coverage WHERE files_id = '. $res['id'] . ';
                            DELETE FROM all_lines WHERE files_id = '. $res['id'] . ';
                            DELETE FROM line_info WHERE files_id = '. $res['id'] . ';');
                    }
                    break;
                }

                $modifiedPaths[] = $path;
                // file is modified, get a list of tests that execute this file
                if ($res['issource']) {
                    $sql = '
                        SELECT t.testpath
                        FROM coverage c, tests t
                        WHERE
                            c.files_id = ' . $res['id'] . '
                          AND
                            t.id = c.tests_id';
                } else {
                    $sql = '
                        SELECT t.testpath
                        FROM coverage_nonsource c, tests t
                        WHERE
                            c.files_id = ' . $res['id'] . '
                          AND
                            t.id = c.tests_id';
                }

                $result2 = $this->db->query($sql);
                while ($res = $result2->fetchArray(SQLITE3_NUM)) {
                    $modifiedTests[$res[0]] = true;
                }

                break;
            }
        }

        echo "done\n";
        echo count($modifiedPaths), ' modified files resulting in ',
            count($modifiedTests), " modified tests\n";
        $paths = $this->retrieveTestPaths();
        echo "Scanning ", count($paths), " test paths";
        foreach ($paths as $path) {
            echo '.';
            $sql = '
                SELECT id, hash FROM tests where testpath = "' .
                $this->db->escapeString($path) . '"';
            $result = $this->db->query($sql);
            while ($res = $result->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)) {
                if (!file_exists($path)) {
                    $this->removeOldTest($path, $res['id']);
                    continue;
                }

                if (md5_file($path) != $res['hash']) {
                    $modifiedTests[$path] = true;
                }
            }
        }

        echo "done\n";
        echo count($newtests), ' new tests and ', count($modifiedTests), " modified tests should be re-run\n";
        return array_merge($newtests, array_keys($modifiedTests));
    }
}
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\SourceFile {
use PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\Aggregator,
    PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\AbstractSourceDecorator;
class PerTest extends \PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer\SourceFile
{
    protected $testname;

    function __construct($path, Aggregator $agg, $testpath, $sourcepath, $testname, $coverage =  true)
    {
        $this->testname = $testname;
        parent::__construct($path, $agg, $testpath, $sourcepath, $coverage);
    }

    function setCoverage()
    {
        $this->coverage = $this->aggregator->retrieveCoverageByTest($this->path, $this->testname);
    }

    function coveredLines()
    {
        $info = $this->aggregator->coverageInfoByTest($this->path, $this->testname);
        return $info[0];
    }

    function render(AbstractSourceDecorator $decorator = null)
    {
        if ($decorator === null) {
            $decorator = new DefaultSourceDecorator('.');
        }
        return $decorator->render($this, $this->testname);
    }

    function coveragePercentage()
    {
        return $this->aggregator->coveragePercentage($this->path, $this->testname);
    }

    function coverageInfo()
    {
        return $this->aggregator->coverageInfoByTest($this->path, $this->testname);
    }
}
}
?>

.ln {background-color:#f6bd0f; padding-right: 4px;}
.cv {background-color:#afd8f8;}
.nc {background-color:#d64646;}
.dead {background-color:#ff8e46;}

ul { list-style-type: none; }

div.bad, div.ok, div.good {
    white-space:pre;
    font-family:courier;
    width: 160px;
    float: left;
    margin-right: 10px;
}
.bad {background-color:#d64646; }
.ok {background-color:#f6bd0f; }
.good {background-color:#588526;}
<?php
namespace PEAR2\Pyrus\Developer\CoverageAnalyzer {
session_start();
$view = new Web\View;
$rooturl = parse_url($_SERVER["REQUEST_URI"]);
$rooturl = $rooturl["path"];
$controller = new Web\Controller($view, $rooturl);
$controller->route();
EOF